Enquanto os lacaios de Fuse são encontrados por todo o mundo, existem alguns locais nos quais eles causaram um impacto significativo. Nesses locais, a gravidade está fora de controle, fazendo com que massas de terra começassem a levitar; piscinas de Fusion Matter cobrem o solo e enormes Terrafusers só pioram a situação. Essas áreas foram isoladas por Dexter usando campos de força para tentar impedir o avanço da infecção. Diversas missões vão levar o jogador a essas áreas. Você pode também ajudar a coletar Fusion Matter Pods antes que a infecção piore. A maioria dos Fusion Lairs são encontrados dentro de zonas infectadas, com algumas exceções. Gooby Traps podem ser encontradas em todas, senão na maioria, das zonas infectadas. Zonas Infectadas geralmente são repletas de Monstros Fusion, mas zonas como as Crystalline Caverns, Sweet Revenge, Loch Mess e The Fissure não são assim. Existem casos nos quais áreas todas são compostas de apenas uma enorme zona infectada e uma pequena área onde o portal de teleporte é localizado, como Goat's Junk Yard, Nuclear Plant e Dark Glade. A KND Training Area é a única zona infectada que não aparece no Passado.
Zonas Infectadas[]
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| KND Training Area Sector V (The Future) |
Pokey Oaks Junior High Pokey Oaks North (The Future) |
Mandark's House Genius Grove (The Future) |
Delightful Developments Peach Creek Estates (The Future) |
Megas' Last Stand Goat's Junk Yard (The Future) |
Pokey Oaks Junior High Pokey Oaks North |
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| Mandark's House Genius Grove |
Sweet Revenge Candy Cove |
Delightful Developments Peach Creek Estates |
Megas' Last Stand Goat's Junk Yard |
The Boneyard Eternal Meadows |
Reactor Works Nuclear Plant |
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| Charles Darwin Middle School Habitat Homes |
Dizzy World City Point |
Sunny Bridges Auditorium Marquee Row |
Jungle Training Area Mount Blackhead |
Loch Mess Leakey Lake |
The Fissure Townsville Park |
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| Cutts and Bruises Skate Park Orchid Bay |
Sand Castle Bravo Beach |
Crystalline Caverns Pimpleback Mountains |
Construction Site Morbucks Towers |
Hani-Baba Temple The Ruins |
Tyrannical Gardens Galaxy Gardens |
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| Skypad Space Port Offworld Plaza |
Nowhere Triangle Area 51.5 |
The Canopy Really Twisted Forest |
Monkey Summit Monkey Mountain |
Dinosaur Graveyard Dinosaur Pass |
Inferno Fields Firepits |
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| Dark Tree Clearing Dark Glade |
Green Gullet Green Maw |